एचवीएसी सिस्टम को यह सुनिश्चित करने के लिए फिल्टर के उपयोग की आवश्यकता होती है कि हवा स्वच्छ और हानिकारक कणों से मुक्त रहे।कई प्रकार के फ़िल्टर उपलब्ध हैं, जिनमें मैकेनिकल फ़िल्टर, इलेक्ट्रोस्टैटिक फ़िल्टर और HEPA फ़िल्टर शामिल हैं।मैकेनिकल फिल्टर कणों को पकड़ने के लिए एक भौतिक अवरोध का उपयोग करते हैं, जबकि इलेक्ट्रोस्टैटिक फिल्टर इलेक्ट्रोस्टैटिक चार्ज के माध्यम से कणों को आकर्षित करते हैं और पकड़कर रखते हैं।HEPA फिल्टर सबसे कुशल हैं और 0.3 माइक्रोन तक छोटे कणों को पकड़ सकते हैं।

एचवीएसी प्रणाली का स्वच्छता स्तर किसी स्थान पर पहुंचाई जाने वाली स्वच्छ हवा की मात्रा को दर्शाता है।इसे प्रति घंटे वायु परिवर्तन (एसीएच) में मापा जाता है, जो कि प्रति घंटे किसी स्थान में हवा पूरी तरह से बदलने की संख्या है।व्यावसायिक स्थानों के लिए अनुशंसित ACH लगभग 4-6 है, जबकि अस्पतालों और प्रयोगशालाओं के लिए ACH 12-15 तक हो सकता है।

एचवीएसी प्रणाली को डिजाइन करते समय, स्थान के आकार, अधिभोग के प्रकार और वायु प्रदूषण के अपेक्षित स्तर जैसे कारकों पर विचार करना महत्वपूर्ण है।उचित डक्टवर्क डिज़ाइन और वायु रजिस्टरों का स्थान भी महत्वपूर्ण विचार हैं।सिस्टम को पूरे स्थान में हवा का समान वितरण प्रदान करने और स्थिर हवा के संचय को रोकने के लिए डिज़ाइन किया जाना चाहिए।